L’IME participa anualment en la convocatòria de premis d’investigació de diferents ajuntaments de Menorca i en la selecció dels projectes guanyadors. També s’encarrega de publicar els treballs resultants dels projectes premiats, un cop enllestits. Els premis en els quals col·labora són:

Premi d’investigació cultural Francesc de Borja Moll, convocat per l’Ajuntament de Ciutadella

Premi per a projectes d’investigació sobre es Mercadal i Fornells (Ajuntament des Mercadal)

Premi Ciutat de Maó (Ajuntament de Maó)

Premi d’investigació de Ferreries (Ajuntament de Ferreries)

Premi Ciutat d’Alaior Josep Miquel Guàrdia i Bagur (Ajuntament d’Alaior)