L’IME organitza i estalona cursos, seminaris i simposis universitaris. Anualment tenen lloc: l’Escola d’Estiu de Salut Pública, organitzada en col·laboració amb la Conselleria de Sanitat del Consell Insular de Menorca, la Conselleria de Sanitat del Govern de les Illes Balears, l’Àrea de Salut de Menorca de l’Insalud de Balears i la Universitat de les Illes Balears; les Trobades Científiques de la Mediterrània, amb la col·laboració de la Societat Catalana de Física de l’Institut d’Estudis Catalans; un taller sobre medicina i societat, en col·laboració amb la Universitat de les Illes Balears i la Universitat d’Alacant; i les trobades d’Historiadors i Arqueòlegs de Menorca.
A més, es realitzen nombroses jornades de temes diversos. De les realitzades fins ara, cal destacar les Jornades de reflexió sobre el comerç exterior i marítim, fetes amb la col·laboració de la Universidad Complutense de Madrid, les Jornades sobre desenvolupament i conservació de la natura, amb la col·laboració del Comité Español del Programa MaB; un seminari per a l’estudi de la correspondència científica de J J Rodríguez Femenias; la Reunió d’Arqueologia Cristiana Hispànica, en col·laboració amb la Secció Històrico-Arqueològica de l’Institut d’Estudis Catalans i l’Institut d’Arqueologia i Prehistòria de la Universitat de Barcelona; i el Workshop sobre anàlisi espacial objectiu i estudis de diagnòstic en oceanografia i meteorologia.
