L’IME ha signat convenis de col·laboració per a investigacions i publicacions amb altres entitats:
- Ateneu Científic, Literari i Artístic de Maó
- Institut Joan Ramis: Museu Virtual
- Caixa de Balears “Sa Nostra”
- Conselleria d’Agricultura i Pesca del Govern de les Illes Balears
- Conselleria de Comerç, Indústria i Energia del Govern de les Illes Balears
- Conselleria d’Innovació, Interior i Justícia del Govern de les Illes Balears
- Conselleria de Medi Ambient, Direcció General d’Ordenació del Territori del Govern de les Illes Balears
- Earlham College de Richmond, Indiana (USA)
- Foment del Turisme de Menorca
- Fundació Rubió i Tudurí i Andromaco
- GESA
- Institut Català d’Energia
- Institut d’Estudis Catalans
- Universitat Complutense de Madrid
- Universitat d’Alcalà d’Henares
- Universitat de les Illes Balears
- Universitat de Salamanca
- Universitat Pompeu Fabra
- Universitat Politècnica de Catalunya
- Universitat Politècnica de Madrid
Forma part de:
- Confederación Española de Centros de Estudios Locales, organisme del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
- Coordinadora de Centres d’Estudi de Parla Catalana
Són entitats col·laboradores de l’IME:
- Acadèmia de Ciències Mèdiques de Catalunya i Balears (Delegació de Menorca)
- Ateneu Científic, Literari i Artístic de Maó
- Col·legi Oficial de Metges de Balears (Comarcal de Menorca)
- Col·legi Oficial de Farmacèutics de Balears (Junta Insular de Menorca)
- GOB Menorca
- Obra Cultural de Menorca
- Trobades Científiques de la Mediterrània
- Fòrum Tercer Mil·lenni
