L’IME, a més de publicacions en col·laboració amb altres entitats, edita els seus propis llibres, molts dels quals formen part d’alguna de les col·leccions temàtiques que estan a càrrec de les distintes seccions:
Col·leccions
- Capcer (edicions crítiques de clàssics menorquins)
- Cova de Pala (monografies històriques i socials)
- Monografies etnològiques del Museu de Ciutadella (coedició amb l’Ajuntament de Ciutadella)
- Natura
- Petit Format
- Premis Francesc de Borja Moll
- Quaderns de Divulgació
- Quaderns Socials
- Sextant
- Recerca (actes de jornades i treballs d’investigació)
- Xibau (poesia d’autors menorquins)
Obres completes d’Antoni Febrer i Cardona
Fora de col·lecció
Coedicions i col·laboracions
Revistes
- Meloussa, Revista de la Secció d’Història i Arqueologia
- Revista de Menorca (coedició amb l’Ateneu de Maó)
- Randa (editada per les Publicacions de l’Abadia de Montserrat amb la col·laboració de l’Institut Menorquí d’Estudis)
